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英语字根(共252个) 1,ag=do,act 做,动 2,agri=field 田地,农田(agri也做agro,agr) 3,ann=year年 4,audi=hear听 5,bell=war战争 6,brev=short短 7,ced,ceed,cess=go行走 8,cept=take拿取 9,cid,cis=cut,kill切,杀 10,circ=ring环,圈 11,claim,clam=cry,shout喊叫 12,clar=clear清楚,明白 13,clud=close,shut关闭 14,cogn=known知道 15,cord=heart心 16,corpor=body体 17,cred=believe,trust相信,信任 18,cruc=cross 十字 19,cur=care关心 20,cur,curs,cour,cours=run跑 21,dent=tooth牙齿 22,di=day 日 23,dict=say说 24,dit=give给 25,don=give给 26,du=two二 27,duc,duct=lead引导 28,ed=eat吃 29,equ=equal等,均,平 30,ev=age年龄,寿命,时代,时期 31,fact=do,make做,作 32,fer=bring,carry带拿 33,flor=flower花 34,flu=flow流 35,fus=pour灌,流,倾泄 36,grad=step,go,grade步,走,级 37,gram=write,draw写,画,文字,图形 38,graph=write,records写,画40,habit=dwell居住 39,gress=go,walk 行走 40,habit=dwell居住 41,hibit=hold拿,持 42,hospit=guest客人 43,idio=peculiar,own,private,proper特殊的,个人的,专有的 44,insul=island岛 45,it=go行走 46,ject=throw投掷 47,juven=young年轻,年少 48,lect=choose,gather选,收 49,lev=raise举,升 50,liber=free自由 51,lingu=language语言 52,liter=letter文字,字母 53,loc=place地方 54,log=speak言,说 55,loqu=speak言,说 56,lun=moon月亮 57,man=dwell,stay居住,停留 58,manu=hand手 59,mar=sea海 60,medi=middle中间 61,memor=memory记忆 62,merg=dip,sink 沉,没 63,migr=remove,move迁移 64,milit=soldier兵 65,mini=**all,little小 66,mir=wonder惊奇 67,miss=send 投,送,发(miss也作mit) 68,mob=move动 69,mort=death死 70,mot=move移动,动 71,nomin=name名 72,nov=new新 73,numer=number 数 74,onym=name 名 75,oper=work工作 76,ori=rise升起 77,paci=peace和平,平静 78,pel=push,drive推,逐,驱 79,pend ,pens=hang悬挂/weigh称量/pay支出,付钱,花费 80,pet=seek追求 81,phon=sound声音 82,pict=paint画,描绘 83,plen=full满,全 84,plic=fold折,重叠 85,pon=put放置 86,popul=people人民 87,port=carry拿,带,运 88,pos=put放置 89,preci=price价值 90,punct=point,prick点,刺 91,pur=pure清,纯,净 92,rect=right,straight正,直 93,rupt=break破 94,sal=salt盐 95,scend,scens=climb爬,攀 96,sci=know知 97,sec,sequ=follow跟随 98,sect=cut切割 99,sent,sens=feel感觉 100,sid=sit坐 101,sist=stand站立 102,son=sound声音 103,spect=look看 104,spir=breathe呼吸 105,tail=cut切割 106,tain,ten,tin=hold握,持,守 107,tect=cover掩盖 108,tele=far远 109,tempor=time时 110,tend(tens,tent)=stretch伸 111,terr=land,earth土地,陆地 112,text=weave纺织 113,tract=draw拉,抽,引 114,un=one一 115,urb=city城市 116,vac,vacu=empty空 117,vad,vas=walk,go行走 118,vari=change变化 119,ven=come来 120,vert,vers=turn转 121,vi,via=way道路 122,vis,vid=see看 123,vit=life生命 124,viv=live活 第二部分,多认词根,多识单词。 125,aer(o)空气,空中,航空 126,alt高 127,am爱 128,ambul行走 129,anim生命,活,心神,意见 130,anthrop(o)人,人类 131,aqu水 132,arch统治者,首脑archy 统治 133,avi鸟 134,bat打 135,biblio书 136,birg战斗,打 137,cad,cas降落,降临 138,cert 确定,确信 139,chron时 140,cid降落,降临 141,clin倾 142,co**(o)世界,宇宙 143,cracy统治crat支持 144,cub躺,卧 145,cult耕,培养 146,cycl(o)圈,环,轮 147,dem(o)人民 148,dexter右 149,doc教 150,dom屋,家 151,dorm睡眠 152,drom跑 153,ego我 154,err漫游,走,行 155,fabl,fabul 言 156,feder联盟 157,ferv沸,热 158,fict,fig塑造,虚构 159,fid信任 160,fil线 161,flat 吹 162,flect,flex弯曲 163,flict打击 164,frag,fract破,折 165,frig冷 166,fug逃,散 167,fund,found底,基础 168,gam婚姻 169,gram谷物,谷粒 170,grav重 171,greg群,集合 172,gyn,gynce(o)妇女 173,hal呼吸 174,helic(o)螺旋 175,hes,her粘着 176,ign火 177,integr整,全 178,junct连接,连结 179,later边 180,leg读 181,leg,legis法 182,luc光 183,lumin光 184,magn(i)大 185,matr(i),metro母 186,mega大 187,mens测量 188,ment心,神,智,思,意 189,min伸出,突出 190,misc混合,混杂 191,mis(o)恨,厌恶 192,mon告诫,提醒 193,mon单独,一个 194,mur墙 195,mut变换 196,nat诞生 197,nav船 198,nect,nex结,系 199,negr,nigr黑 200,nihil无 201,noc,nox伤害 202,noct(i)夜 203,norm规范,正规,正常 204,nutri营养 205,orn装饰 206,par生,产 207,parl说,谈 208,past喂,食 209,path(o),pathy疾病,疗法 210,patr(i)父,祖 211,ped脚,足 212,ped儿童,小孩 213,petr(o)石 214,phag吃 215,phil(o)爱 216,phob(ia)怕 217,plex重叠,重 218,polis城市 219,prim第一,最初 220,radic根 221,ras,rad擦,刮 222,rid,ris笑 223,rod,ros咬,啮 224,rot轮,转 225,rud原始,粗野 226,rur,rus农村 227,sat,satis,satur足,满,饱 228,sen老 229,simil,simul相似,相同 230,solo单独 231,sol太阳 232,soph智慧 233,sper希望 234,spe,spars散,撒 235,splend发光,照耀 236,stell星 237,tact,tag触 238,the(o)神 239,ton音 240,tort扭 241,tour迂回,转 242,trud,trus推,冲 243,tut,tuit监护,看管 244,umbr阴影 245,ut,us用 246,vas走,漫游 247,val强 248,van空,无 249,ver(i)真实 250,voc,vok声音,叫喊 251,vol,volunt意志,意愿 252,volu,volv滚,转
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英语字根
1,ag=do,act 做,动
2,agri=field 田地,农田(agri也做agro,agr)
3,ann=year年
4,audi=hear听
5,bell=war战争
6,brev=short短
7,ced,ceed,cess=go行走
8,cept=take拿取
9,cid,cis=cut,kill切,杀
10,circ=ring环,圈
11,claim,clam=cry,shout喊叫
12,clar=clear清楚,明白
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41,hibit=hold拿,持
42,hospit=guest客人
43,idio=peculiar,own,private,proper特殊的,个人的,专有的
44,insul=island岛
45,it=go行走
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48,lectchoose,gather选,收
49,lev=raise举,升
50,liber=free自由
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【第二部分,多认词根,多识单词】
125,aer(o)空气,空中,航空
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127,am爱
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129,anim生命,活,心神,意见
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138,cert 确定,确信
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140,cid降落,降临
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142,cosm(o)世界,宇宙
143,cracy统治crat支持
144,cub躺,卧
145,cult耕,培养
146,cycl(o)圈,环,轮
147,dem(o)人民
148,dexter右
149,doc教
150,dom屋,家
151,dorm睡眠
152,drom跑
153,ego我
154,err漫游,走,行
155,fabl,fabul 言
156,feder联盟
157,ferv沸,热
158,fict,fig塑造,虚构
159,fid信任
160,fil线
161,flat 吹
162,flect,flex弯曲
163,flict打击
164,frag,fract破,折
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166,fug逃,散
167,fund,found底,基础
168,gam婚姻
169,gram谷物,谷粒
170,grav重
171,greg群,集合
172,gyn,gynce(o)妇女
173,hal呼吸
174,helic(o)螺旋
175,hes,her粘着
176,ign火
177,integr整,全
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205,orn装饰
206,par生,产
207,parl说,谈
208,past喂,食
209,path(o),pathy疾病,疗法
210,patr(i)父,祖
211,ped脚,足
212,ped儿童,小孩
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214,phag吃
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216,phob(ia)怕
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218,polis城市
219,prim第一,最初
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221,ras,rad擦,刮
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226,rur,rus农村
227,sat,satis,satur足,满,饱
228,sen老
229,simil,simul相似,相同
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233,sper希望
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249,ver(i)真实
250,voc,vok声音,叫喊
251,vol,volunt意志,意愿
252,volu,volv滚,转
这些叫词根词缀。拉丁语系所有的语言以及衍生语言都是由前缀+词根+曲折变化、复合、派生+后缀组成的。在国外学语言学,音位学,语法的都要学习词语构成。国内官方机构的英语教学说实话很不成熟。教学方式很害人。根本不科学,不专业,不系统。很多写教材的人自己就不专业,背了两篇课文记了基本字典就觉出来教学了。语法全部掰碎了来讲,根本不系统。而且语言这个东西是习惯性的,是一步一步积累的,国内全部讲究速成,速记,速考,速忘。搞不懂的就死背。完全没有引入系统的语言学,语法,音位学,语音学。学徒怎么可能体会到语言构成形成的奥妙。国内的外语都是拿来应考的,不是拿来使用的。大陆在外语研究的水平上远远不及港台,日韩。到现在我们连一本专门的解释外部语言历史,发展,结构的译本都没有,可是在国外到处都是,装备到高中图书馆。倒不是因为大陆人少,出国的人少,是因为机制和动机就有毛病。
请问什么是bisulfite sequencing PCR, BSP?
目前, 基因的甲基化研究主要结合亚硫酸氢钠处理和PCR技术,分为甲基化特异性PCR(Methylation specific PCR,MSP)和硫化测序PCR(Bisulfite sequencing PCR, BSP)。技术原理:DNA经亚硫酸氢盐硫化处理后,DNA双链中的“C”转化为“U”,通过随后的PCR,将“U”转化为“T”,但亚硫酸氢盐不能使已发生了甲基化的DNA的“C”发生上述转化,因此,根据经亚硫酸氢盐处理的DNA模板设计引物时,先输入感兴趣的DNA序列,程序将会显示2种序列:一种是输入的源DNA序列;另一种是硫化处理后的DNA序列,除了CpG岛上的5甲基胞嘧啶(5mC)之外,所有非甲基化的“C”都转换成了“T”,根据转化后的序列设计引物,进行BSP和MSP。1.MSP:DNA经亚硫酸氢钠处理后,所有未甲基化的胞嘧啶发生脱氨基变为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶无此改变。DNA的甲基化差异转变为序列差异,设计两对分别针对甲基化与非甲基化等位基因的引物,结合PCR扩增就可以将甲基化与非甲基化等位基因区分开。这种方法灵敏度高,对DNA的质和量需要少。2.BSP:甲基化的胞嘧啶在亚硫酸氢钠发生脱氨基后不会转变,用一对特异性引物扩增后测序,再与DNA原始序列比对确定甲基化位点。测序法克服了只能针对单个位点检测,并且这些位点必须是限制性内切酶识别位点的缺点,可以对任何基因序列的甲基化状态进行检测。
有谁能详细说一下全基因组Bisulfite Sequencing的流程
亚硫酸氢钠测序法(bisulfite genomic sequencing)直接测序法是建立在MSP基础上进一步深入研究CpG岛各个位点甲基化情况的方法.重亚硫酸盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变,行PCR扩增(引物设计时尽量避免有CpG,以免受甲基化因素的影响)所需片段,则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶.最后,对PCR产物进行测序,并且与未经处理的序列比较,判断是否CpG位点发生甲基化.此方法一种可靠性及精确度很高的方法,能明确目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态.在寻找有意义的关键性CpG位点上,有其他方法无法比拟的优点.测序法以CpG岛两侧不含CpG点的一段序列为引物配对区,所以能够同时扩增出甲基化和非甲基化靶序列.它的不足是耗费时间和耗资过多,至少要测序10个以上的克隆才能获得可靠数据,需要大量的克隆及质粒提取测序,过程较为繁琐、昂贵. 第一部分 基因组DNA的提取.这一步没有悬念,完全可以购买供细胞或组织使用的DNA提取试剂盒,如果实验室条件成熟,自己配试剂提取完全可以.DNA比较稳定,只要在操作中不要使用暴力,提出的基因组DNA应该是完整的.此步重点在于DNA的纯度,即减少或避免RNA、蛋白的污染很重要.因此在提取过程中需使用蛋白酶K及RNA酶以去除两者.使用两者的细节:1:蛋白酶K可以使用灭菌双蒸水配制成20mg/ml;2:RNA酶必须要配制成不含DNA酶的RNA酶,即在购买市售RNA酶后进行再处理,配制成10mg/ml.否则可能的后果是不仅没有RNA,连DNA也被消化了.两者均于-20度保存.验证提取DNA的纯度的方法有二:1:紫外分光光度计计算OD比值;2:1%-1.5%的琼脂糖凝胶电泳.我倾向于第二种方法,这种方法完全可以明确所提基因组DNA的纯度,并根据Marker的上样量估计其浓度,以用于下一步的修饰.第二部分 亚硫酸氢钠修饰基因组DNA 如不特别指出,所用双蒸水(DDW)均经高压蒸汽灭菌.1:将约2ugDNA于1.5mlEP管中使用DDW稀释至50ul;2:加5.5ul新鲜配制的3M NaOH; 3: 42℃水浴30min;水浴期间配制:4:10mM对苯二酚(氢醌),加30ul至上述水浴后混合液中;(溶液变成淡黄色)5: 3.6M亚硫酸氢钠(Sigma,S9000),配制方法:1.88g亚硫酸氢钠使用DDW稀释,并以3M NaOH滴定溶液至PH 5.0,最终体积为5ml.这么大浓度的亚硫酸氢钠很难溶,但加入NaOH后会慢慢溶解,需要有耐心.PH一定要准确为5.0.加520ul至上述水浴后溶液中.6:EP管外裹以铝箔纸,避光,轻柔颠倒混匀溶液. 7:加200 ul 石蜡油,防止水分蒸发,限制氧化.8:50℃避光水浴16h.一般此步在4pm开始做,熟练的话不到5pm即可完成,水浴16h正好至次日8am以后收,时间上很合适.这一步细节:1:基因组DNA的量不需十分精确,宁多勿少,因为在以后纯化回收步骤中会有丢失,且此方法修饰最多可至4ug.2:所有试剂均须新鲜配制,所以配液的技术要过关,既要快,又要精确.3:亚硫酸氢钠溶液呈强酸性,一定用碱将PH调制5.0,否则PH不合适会影响后续纯化吸收.4:水浴最好达16小时,虽可以短至8小时,但后者修饰会有不完全. 第三部分 修饰后DNA纯化回收EP管如无特别说明均为高压蒸汽灭菌的.1. 将移液器枪头伸入石蜡油层下,先轻轻加压使其中一小段石蜡油排出,然后吸取混合液至一洁净1.5mlEP管中.2:以下使用Promega Wizard Cleanup DNA纯化回收系统(Promega,A7280)1)70℃水浴预热DDW;配制80%异丙醇;2)加1ml Promega’s Wizard DNA Clean-up resin,轻柔颠倒混匀,使DNA充分与树脂结合;3)由于该试剂盒中仅配备针筒没有针栓,如果有真空负压吸引器,使用起来很方便;如果没有,需要自备3ml-5ml注射器.将注射器针筒与试剂盒提供的回收小柱紧密连接后,将上述混合物用移液器移至针筒内,用2ml以上的EP管放置小柱下接收废液.加针栓,轻轻加压,将液体挤出,此时可见小柱内有白色的树脂沉积.4)将注射器与小柱分离后拔出针栓,再将针筒与小柱连接,向针筒内加入2ml 80%的异丙醇,插入针栓,轻轻加压,将异丙醇挤出.此为洗涤步骤.5)将注射器与小柱分离,将小柱置于洁净1.5ml洁净EP管上,离心12000rpm,2min,以甩去残余异丙醇成分,使树脂干燥.此时,修饰后DNA处于与树脂结合状态.6)将小柱取下置于另一洁净1.5mlEP管上,移液器加50ul预热好的DDW,室温放置5min.7)离心12000rpm,20s,此为洗脱步骤,此时EP管内液体即为洗脱的修饰后DNA溶液,终体积为50ul.3:加5.5ul 新鲜配制的3M NaOH,室温放置15min.4:加33ul 10M乙酸铵,以中和NaOH,使溶液PH于7.0左右.5:加4ul 10mg/ml糖原,此作为沉淀指示剂,因为其与乙醇混合后可产生沉淀,便于以后离心后辨别回收物的位置,以防在吸取残余乙醇时将回收物吸走.其实,加入这些糖原究竟能起多大作用,不好说.不过有国产糖原卖,包装不大,也很便宜,买来一用,算严格遵守文献的步骤吧.6:加270ul 冰无水乙醇,置于-20度,过夜沉淀.有人为沉淀最短可至2小时,但我认为时间长些可能会更好.并且做到此步骤时,一般会到中午,如果样本多的话要到下午,不妨放置过夜,日程可以轻松些,顺便做些其他试验.如果想当天做完,没有问题,但我认为最好多沉淀些时候,至少6小时吧(这是经验,我做过最少6小时,也是可以的,再短就不敢发表意见了)7:4度,12000rpm离心,30min,倒去上清液,收集沉淀.不必吸净.8:加500ul 70%乙醇,不要将沉淀吹打起来,只要把乙醇加上即可.轻柔倾斜EP管,旋转一圈,再次离心,4度12000rpm,5min.离心后倒掉上清,再加同量乙醇,同样再做一遍.此为洗涤步骤,共2次.9:倒掉上清,并常温简短离心后,将附壁乙醇离至EP管底,移液器小心将残余液体吸净,室温干燥5min,或沉淀由不透明变为半透明或透明时,加入20ul- 30ulDDW,溶解沉淀.至此,已完成了修饰后DNA的纯化回收,所得为修饰后DNA溶液,可用于此后的进一步实验.10:-20℃保存DNA溶液.此步细节:1:在使用注射器时,一定要用力均匀且轻,如使用暴力,会将小柱内的薄膜挤破,失去作用.2:乙酸铵、糖原不需新鲜配制,糖原配好后放在-20度保存,乙酸铵室温即可,因为这样浓度的乙酸铵非常难溶,一旦放在4度,取出用时也会有很多溶质析出.3:异丙醇、70%乙醇都不需要新鲜配制,但如果用量大,现场配也很方便.此步关键是在树脂与DNA的结合上,这就再次强调第二部分调亚硫酸钠PH值得重要性.因为树脂与DNA结合需要有一个适当的PH,如前一步没做好,此步树脂不能与DNA很好结合,将会带来灾难性后果,即DNA随着液体被挤出了,洗脱时实际已没有任何DNA了.第四部分 修饰后DNA用于PCR这一步也没有悬念.我主要谈一下这里面的几个比较棘手的问题:1:引物问题:我感觉自己设计引物有相当的难度,我曾设计过几对引物,并且试验了一下,但以失败告终.如果时间充裕、作的又是比较新的基因文献不多,自己设计引物没有问题.如果不是这样,还是参考文献更好些.首先查阅SCI分值高的文献,然后是著名实验室的文献,如果国内有做的,更好了,可以直接联系咨询.查到序列后,一定要和Genbank中的序列进行比对,防止有印刷错误造成的个别碱基的差别.然后再到google上搜一下,看用的人多否,体系条件是否一样.用的人多、体系条件一样,表明可重复性比较强.我也是按此行事,算比较顺利.2:Taq酶问题:有文献用高保真的金牌 Taq(Platinum),但我感觉只要体系正确、变性退火等条件合适,一般的热启动酶是可以的.我开始使用的是Takara的LA Taq,很好用,配有10x含mg++的LA缓冲液.有时候用没了,暂时以Takara 的普通Taq酶也可以.如何选择,可以根据自己的情况.初作者还是用好一点的酶.3:PCR的条件:变性一般都选择95度,3min.其余我感觉还是根据文献,退火可以根据你的引物的退火温度在小范围内尝试.一般和文献报道差别不大.只是扩增片断特异性的问题.建议根据文献.4:做PCR的EP管最好选择进口的,壁薄且厚度均匀,这可以保证温度的迅速变化可以及时传递给管内的反应液,使体系真正在所设定的温度下运行.5:PCR仪:如果在某一个仪器上作出来了,最好一直用此仪器继续.不同的仪器“脾气”也不一样,但EP管必要和仪器内的插孔紧密结合方好,留有空隙,我认为会影响温度的传递.这一部分有些啰嗦,只是个人一些不成熟经验.有疑问处,请大家指出,交流.今天先到这里,现写一些内容,比较费劲,总是不能一挥而就.望见谅.歇息一会准备写最后蓝白斑筛选克隆这一部分.第五部分 PCR产物的凝胶回收这一步比较简单,可以购买一个凝胶PCR产物回收试剂盒,国产的就很好、价格也合理,比如TIANGEN的产品(用过).把切下来的胶按说明书操作即可.几个细节:1:PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳,要使用新配的电泳液.凝胶浓度1%-2%均可.2:凝胶DNA回收时在300nm紫外灯下观察条带位置,切取目的片断所在位置的凝胶,尽量小,保证特异性.3:紫外照射时间不能过长,否则对DNA有损伤.4:回收后的DNA如不马上用就储存于-20度,在数月内是很稳定的.第六部分 PCR产物与T载体的连接和转化、蓝白斑筛选1:连接T载体(本实验使用的是Promega的试剂盒)15ul体系T-easy 1ulLigase 1ul 2xbuffer 7.5ul DNA 5.5ul4度,过夜. 2:连接产物的转化1)-70度冰箱内取出感受态细菌,融化后置于冰上;2)连接产物15ul 全部加入,至于冰上30分钟;3)42度, 90秒钟;4)冰上2分钟;5)800ul LB培养基;6)280rpm,37度,摇床45分钟(将管放水平了摇,保证菌液摇匀);7)8000rpm,1分钟;在超净台内去上清,留100-150ul;8)涂板:37度孵箱过夜;(板为含有氨苄青霉素的固体LB培养基)先涂:X-gar 35ulIPTG 25ul 后涂:混悬液 过夜后可见板上长出很多蓝色或白色斑点,取白色斑点,尤其是蓝色斑点周围的白色斑点,此处自联率较低.3:取白斑,划种于新板上新板:先涂:X-gar 35ulIPTG 25ul 然后于板底划出分区,进行标记.根据需要,一般一板作50个克隆没有问题. 针头挑白斑划2道于板上相应区域内.37度,孵箱过夜.4:联系测序公司送测序.一般一个克隆在35-45元.这一部分的细节:1:涂板要均匀,保证Xgar和IPTG均匀分布在板面上;2:不要让蓝白斑长得太满,否则选取克隆时容易一下挑2个.