在南沙大角山西北脚前的一片坡地上，2001年3月，广州市文物考古研究所在此进行文物发掘。
通过初步挖掘勘探，约一万平方米大面积堆积丰富的先秦遗址（考古界将先秦以前夏、商、周时代的遗址统称为先秦遗址）展现人们眼前。
一大批釜、罐、钵、盆等陶器和新石器时代晚期的石斧、锛、穿孔石铲、石镞、石刀和砺石等古人用于捕捞、狩猎、耕作的工具令人惊异不已，更为罕见的一具先秦人体骨架，埋于淤泥几千年而完好无损，此骨架是广州迄今考古发掘出的最为完整的一具古人骨架，经送 ... 科学院进一步论证和用现代科学仪器测定。
此骨架为三千五百年前商代时期的一名身高1.7米，45岁左右的男性“南沙人”骨架。
南沙先秦遗址的发现，引起海内外考古学界的高度关注，可以断定，这里曾经鱼贝丰富，人群聚集，南沙有人类活动的历史也由此上溯到四千多年前。
南沙原是珠江口虎门水道西侧的一群岛屿，据北魏《水经》郦注云：“海在郡城南，沙湾、茭塘两司地多边海”。
唐《元和郡县志》载:“大海在府城正南七十里……”。
“这些文字记载表明、古时的南沙是在广州以南几十里外的大海之中。
至宋代以后，珠江水中沙泥沉积、坦洲逐现，众岛屿周边沙坦不断浮生、相连成片，慢慢形成今日之地貌。
南沙的面积为五十四平方公里，呈脚掌状、中部有黄山鲁山、主峰海拔295.3米，为广州以南至珠江口间最高山峰，南沙周边地势较低，多为台地和滩涂。
南沙的地名原称沙埠，元、明时习称沙埔，因渔船，小艇多在此锚泊，故又名南湾，直至清代，人们因此地在黄山鲁的南面，才统称南沙。
南沙的村落多以地形，地物命名、如深湾、沙螺湾、芦湾这些地方古时都是海湾，芦湾更因群山环抱、山泉清澈，潺潺溪水似葫芦倒出流入湾中而得名。
鹿颈村原又名鹿颈寨，因村后山势延长形似鹿颈，村名由此而来。
东瓜宇村原名冬瓜屿，古时为海中小屿，四面环水，对岸居住的人需摆渡才能到屿上来，蝴蝶洲就是当时的渡口所在地，明代洪武年间（1368－1398年），先后有人在屿上定居，并以种植冬瓜为生，故名冬瓜屿，直到清嘉庆年（1796－1820年），后人才以其谐音改称东瓜宇。
东井和金洲的村名都各取自村中的古井和金洲山，而板头村的原名攀头则富有新意，古时村前是水，村后是山，村民从塘坑迁徙，攀山越岭到这头。
“攀头”寓创业艰辛之意，训勉后人艰苦创业，但后人因攀字笔划繁多便以板代之。
九王庙的村名更富传奇色彩，相传宋代期间，有船沉没溺死九人，尸体漂流到此，潮退而出，潮涨而入，数次反复，村民奉以为神，遂将尸体葬于村后山坡，立庙祭奉，并以“九王”称之，逢年过节，庙里香火鼎盛，远近闻名，后此村就以庙为名。
南沙先秦遗址的发掘，显示了新石器时代晚期这里就有人捕捞、居住。
但直到唐、宋代后这里才逐渐发展起来，南沙的先人大都是黄河流域南迁的北方人，南沙黎姓的始祖黎藩庄原籍就在陕西京兆郡，其先人于宋代南迁广东南雄珠玑巷，明永乐年间（1403-1424年），黎藩庄迁至东莞，继迁至南沙塘坑，后部份族人又迁至板头建村。
南沙深湾朱姓的始祖朱羡，原籍徐州古丰郡，因其护送宋帝赵丙南下到新会崖山勤王，敕授辅国将军，宋亡后，朱避居东莞归德门（宝安福永镇）后其孙朱中阳于元至顺年间（1330年）率族人迁居南沙的深湾，继又分支东井、塘坑、此族是可考证最早到南沙开发的氏族。
明清年间，南沙海边洲坦不断出露，外乡人陆续来此围垦耕作，南沙的人渐渐多了起来。
南沙虽地处偏辟，但文物资源丰富，除先秦遗址外，还有祭奉海神妈祖的天后宫、天妃庙，更有镇守国门的虎门炮台。
南沙的虎门炮台始建于1717年，后几经毁坏，几经修建，共计有炮台27座之多，分布在大角山、浦洲山，上、下横挡岛和卢湾村外滩（南北台）等处。
... 战争期间，中国军民在此英勇抗击帝国主义的入侵，写下了可歌可泣的民族英雄主义壮烈诗篇。
1841年1月7日，正与清 ... 谈判的英军突然发起虎门之战，攻陷大角和对岸的沙角炮台，继而于2月26日攻向虎门第二道防线，上横挡岛守军在敌猛烈的炮火轰击下，浴血奋战，最终弹尽援绝，炮台失守，战到最后身负重伤的十余名勇士宁死不屈，愤然跳下岛中水井，以身殉国，表现了崇高的民族气节。
虎门炮台经一、二次 ... 战争后严重毁坏，1883年清 ... 重建虎门诸炮台，改旧式炮台为西洋式炮台，并安装德国克虏伯后膛炮，1938年10月22日，侵华日军飞机从三灶机场，（珠海三灶岛）飞至虎门轮番轰炸炮台，日第五师团板本支队又从浦洲登陆对炮台进一步破坏，重建的虎门炮台又彻底被毁。
