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外源基因的转入会导致基因突变吗
插入转基因通常会破坏插入位置附近的作物DNA片段。这称为插入突变或插入变异。这种影响已为人所知数年了，但直到2003年，才开始进行大量系统分析。科学家们查看了112株作物（拟南芥），它们是通过土壤杆菌方式进行转基因改造的。仅用了带有单一转基因拷贝的作物。（绝大多数商业化生产的转基因作物都有单一基因拷贝）在112株作物中，有80株（71%）在插入位置附近发生了小变异，这包括删除1-100个碱基对，以及/或者插入1-100个外源碱基对。来自转基因的外源碱基对、作物DNA的其他部分、或者环状DNA（质粒），这些都在土壤杆菌插入过程中采用了。剩下32株（29%）出现了大规模的插入、重组、复制，以及/或者删除。在两组作物中，整个染色体组的某些部分分裂，然后转移到插入基因中。这三项研究都是采用土壤杆菌插入法。通过基因枪方法插入的突变，对这种插入变异的分析非常少，这些分析也一致指出，出现了大范围的DNA破坏。根据一项综合评论所述：“由粒子轰击1进行的基因插入法，绝大多数都是非常复杂的，会产生多个转基因DNA拷贝，这些拷贝是在单个插入位置整合而成的。”它们含有大量的外源DNA，包括多个转基因片段，以及/或是大小各异的作物DNA片段，这些片段点缀在插入基因中。一项研究发现了155个单独的分裂，这表明插入的遗传物质进行了重组。插入的外源基因只有一个拷贝的情况比例很小，它们“通常都含有多余DNA片段，和/或似乎同大量基因删除有关，和/或与目标作物DNA重组有关。”
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