印尼人以前为什么要杀华人
荷兰殖民者分而治之，埋下印尼仇华种子
17世纪，荷兰成立东印度公司，印尼逐渐成为了荷兰的一个殖民地。这段时间，葡萄牙、西班牙、英国等国家都先后在东南亚建立了贸易网络，与欧美的国家直接进行贸易，创造了前所未有的谋生机会。
这个时候的中国正处于明末清初，社会动荡。广东、福建一带的百姓生计难以维持。为了谋生，躲避战乱，大量民众移居东南亚，形成了第一次大规模的移民东南亚的浪潮，开放海禁、明朝的灭亡等变动也助推了这一浪潮。
为了招徕更多华商，殖民者用各种方式优待华人。西班牙征服马尼拉后, 即释放所扣押的华商，在与土著的战争也避免伤及华人。荷兰发放大量自由证吸引甚至强迫华人移到巴城（即雅加达）。
但是华人的经济力量壮大时，殖民者又开始恐惧。从1603年屠杀2万多华人开始，西班牙殖民者在马尼拉多次屠杀、驱逐华人；在巴城，“荷兰者睹唐人日众，渐有厌薄之意，重加剥削，横征无艺。”（程日炌《噶喇吧纪略》）受压迫的华人于1740年发动起义，但被告密。荷兰殖民者屠城7天，几乎将城内的华人都屠杀殆尽。
殖民者一方面要利用华人劳动力开发东南亚，一方面又极力控制华人的力量。他们最害怕的是华人与土著的联合，因此采用分而治之的手段，目的在于疏远两者关系，制造两者矛盾。一、种族隔离，限制华人的居住和通行自由，华人与原住民的交往急剧减少；二、把欧洲人、外来东方人、印尼原住民分为一、二、三等人，但事实上华人并没有比土著更大的权利；三、将原住民限制在农业领域，培养华人经商，还任用华人充当包税人。
这样，华人的地位高于原住民，比原住民富裕，还充当中介，在经济上管理着原住民。原住民对于荷兰殖民者的仇恨转移到华人身上。某种程度上讲，这是印尼人对华人种族偏见的根源，原住民跟华人社群之间的和谐处在了分崩离析的危险之中。
东帝汶屠杀事件的简介
据澳大利亚新闻网的报道，联合国于2006年拟定了一份有关印尼占领东帝汶问题的报告，在这份报告当中，联合国谴责印尼军队在占领东帝汶时期曾经利用“饥饿”作为武器，试图灭绝东帝汶人。这份报告指出，在印尼占领东帝汶期间，占领军总共造成了18万东帝汶人丧生。 战争所带来的灾害 联合国专门为东帝汶地区设立的“接待、真相和调解委员会”经过长期调查之后所撰写的这份报告指出，印尼军队在入侵和占领东帝汶期间所使用的凝固汽油弹和化学武器极度污染了东帝汶的食物和饮用水资源，这给东帝汶人民的生活留下了诸多后患。
1965-1966年 印尼为什么要屠杀数十万华人
导火索：印尼共捕杀陆军高级将领；陆军清洗数十万“亲共左派”
1965年大屠杀，肇始于印尼共与印尼陆军之间由来已久的矛盾。总统苏加诺为了搞“有领导的民主”（简单说来就是推崇个人威权，摒弃议会民主），一手借助陆军的支持，一手又扶植印尼共来牵制陆军。1951年，印尼共只有不到1万名党员；到1963年，党员人数超过了200万；到1965年，超过了300万，成为印尼国内人数最多的党，也成为仅次于苏共和中共的世界第三大共产党。没有苏加诺的扶植，是做不到的。同期，印尼陆军也在镇压国内叛乱的过程中一路坐大，且与苏加诺关系日趋恶劣。苏加诺左倾，与苏、中交往颇多；陆军右倾，与美国中情局往来密切。苏加诺怀疑陆军不忠于自己，想要往陆军内部安插政治委员；陆军也高度戒备苏加诺，极力反对他和印尼共提出的建立“第五军种”（武装化的民兵组织）的计划。
这种矛盾到1965年，因苏加诺病情恶化，已呈一触即发之势。美国中情局该年1月26日的一份机密备忘录分析称：“苏加诺的维也纳医生认为，如果不尽快为他进行手术取出肾结石的话，他一两年内就会去世——可能很快就会暴毙。即使他做了手术，他的寿命和身体机能也非常具有不确定性。……（这使得）印尼共产党及其对立派别之间的政治争夺已经白热化。”1965年8月3日，苏加诺突然病倒，紧急召回了正在中国访问的印尼共领袖艾地。与艾地同机返回的中国医生对苏加诺的病情非常悲观。8月中旬，印尼共举行政治局会议，通报和讨论了苏加诺的病情，艾地在会上表态：是我们首先扑过去呢，还是等着让别人扑过来？我更倾向于先下手。
1965年9月30日深夜，在印尼共的策划下，印尼总统卫队营长翁东中校等人发动政变，6名陆军高级将领人头落地，此即“九卅事件”。随之陆军将领苏哈托发动反扑，翁东等人溃败，苏加诺成为傀儡，包括印尼共领袖艾地在内的数十万人被清洗；被误杀者不计其数
