神霄派和清微派两派的区别在于：
1、清微派更加正统，神霄派多现于江湖。
2、所用雷法符箓区别较大。
3、开派祖师也不同，清微派祖师是祖舒元君，神霄派祖师是萨守坚。
清微派是唐末产生由内丹与符箓相结合的新符箓派。此派主张内丹为本，符箓为用。
该派自称出于清微天玉清元始天尊，故以清微为名。又谓其教在元始天尊传法后衍而为真元、太华、关令、正一四派，至十传乃由祖舒元君会四派而为一，始立清微宗派。
清微派著有道法，《清微神烈秘法》、《清微斋法》、《清微丹法》、《清微玄枢奏告仪》等皆为著作。
清微派自古以来就是雷法的集大成者。
世人误以为雷法只是操纵雷电之力用以杀鬼斩妖的厉法。实际上雷法的作用，不仅可以呼召风雷，驱邪伏魅，止旱停涝，更能治病保胎，使人口清吉，和合美满。
而清微道法中，最为人津津乐道的，便是祈晴祷雨了，也就是老百姓所说的“呼风唤雨”
该派以行雷法为事，主天人合一，以内练为基础，辅以外法。强调诚于中，方能感于天修于内，方能发于外。
神霄派是北宋末出现的新符箓道派，由江西南丰道士王文卿始创。其派以萨守坚为主法祖师。（张道陵、葛玄、许逊、萨守坚为道教四大天师。
有《雷说》《内天罡诀法》《续风雨雷电说》等阐述雷法
至元代，该派受全真道和儒学影响，逐渐重视道德实践，守持戒法，以忠孝为先。
神霄派自北宋末创始以来，其名师高徒大多行法于民间江湖，苏州玄妙观为神霄派的活动据点之一。
自宋末以来，神霄派高道如王文卿、莫月鼎、张善渊、周玄真等曾先后寓居此观。
元代，神霄派最著名的传人为莫月鼎。
至清初，又有施道渊一系住此传承雷法。道渊字亮生，别号铁竹道人，年十九从龙虎山徐演真受五雷法。
传说能驱役百神，除祟疗病。后主持玄妙观，法裔流衍至清末。
宋末元初以来神霄雷法作为一种道法被列入天师府“万法宗坛”。
