区别主要以下几点。
一是五城兵马司是政府系统的警察组织，而由皇帝直接控制
二是五城兵马巡防主要是当场抓捕盗窃等犯罪分子，接收群众报警，追捕抓捕犯罪分子。锦衣卫的侦探范围更广，不仅有罪犯，还有所谓的强奸犯，包括法庭上的官署和他们认为有意义的民间琐事。
三是五城兵马部门抓获的囚犯被移交给第三法务部进行交叉审判和定罪锦衣卫和东西工厂抓获的所谓罪犯，可以自己审问。
五城兵马司和锦衣卫区别
五城兵马司，职责是按所管区域巡逻，纠察奸盗。明代负责这一职责机构的还有令人胆寒的锦衣卫，东西厂。相较而言，五城兵马司是明代正式机构，而锦衣卫，东西厂是直接由皇帝控制的秘密组织。五城兵马司抓到犯人交与三法司审问和冶罪，锦衣卫和东西厂抓拿的所谓罪犯可以自行审讯
