重庆南开中学知名校友有：
■ 〔朱光亚〕——1941级校友，核物理学家，中国工程院院士、院长，中国科学院院士，1999年获得“两弹一星功勋奖章”。
■ 〔周光召〕——1947级校友，理论物理、粒子物理学家，中国科学院院长，1999年获得“两弹一星功勋奖章”。
■ 〔冯元桢〕——教师，生物力学家，生物学科的奠基人，中国科学院首批外籍院士
■ 〔林同冀〕——1938级校友，空气动力学家，中国科学院院士
■ 〔郭可信〕——1941级校友，物理冶金、晶体专家，中国科学院院士
■ 〔侯虞钧〕——1941级校友，中国科学院院士
■ 〔林华宝〕——1949级校友，新型返回式卫星总设计师，中国工程院院士
■ 〔楼南泉〕——1942级校友，物理化学家，中国科学院院士
■ 〔陆婉珍〕——1942级校友，化学家，中国科学院院士
■ 〔陆钟武〕——1946校友，冶金炉热工及冶金能源专家，中国工程院院士
■ 〔毛二可〕——1951级校友，无线电专家，中国工程院院士
■ 〔马杏垣〕——1938友，地质学家，中国科学院院士
■ 〔孟兆祯〕——1952级校友，园艺学家，中国工程院院士
■ 〔钱 宁〕——1939友，河沙运动及河床演变专家，中国科学院院士
■ 〔任继周〕——1944级校友，草原科学家，中国工程院院士
■ 〔王方定〕——1947级校友，化学家，中国科学院院士
■ 〔魏荣爵〕——教师，声学家，中国科学院院士
■ 〔温诗铸〕——1950级校友，机械学家，中国科学院院士
■ 〔夏培肃〕——1940级校友，计算机专家，中国科学院院士
