一、特色不同
1、哥特式建筑
哥特式建筑的特点是尖塔高耸、尖形拱门、大窗户及绘有圣经故事的花窗玻璃。在设计中利用尖肋拱顶、飞扶壁、修长的束柱，营造出轻盈修长的飞天感。
2、拜占庭式建筑
拜占庭式建筑的特点是十字架横向与竖向长度差异较小，其交点上为一大型圆穹顶。穹顶在方形的平面上，建立覆盖穹顶，并把重量落在四个独立的支柱上，这对欧洲建筑发展是一大贡献。
二、起源不同
1、哥特式建筑
哥特式建筑是以法国为中心发展起来的。在12—15世纪，城市手工业和商业行会相当发达，城市内实行一定程度的民主政体，市民们以极高的热情建造教堂，以此相互争胜来表现自己的城市。
2、拜占庭式建筑
公元395年，以基督教为国教的罗马帝国分裂成东西两个帝国。史称东罗马帝国为拜占庭帝国，其统治延续到15世纪，1453年被土耳其人灭亡。东罗马帝国的版图以巴尔干半岛为中心，包括小亚细亚、地中海东岸和北非、叙利亚、巴勒斯坦、两河流域等，建都君士坦丁堡。
三、发展不同
1、哥特式建筑
第一座哥特式教堂是1143年在法国巴黎建成的圣丹尼教堂，其四尖券巧妙地解决了各拱间的肋架拱顶结构问题，有大面积的花窗玻璃，为以后许多教堂所效法。
2、拜占庭式建筑
（13-15世纪），十字军的数次东征使拜占庭帝国大受损失，这个时期的建筑既不多，也没有什么新的创造，后来在土耳其入主后大多破损无存了。
