1989年，亳州站始建。
亳州站主站房
随着亳州市社会经济发展，原亳州火车站已经不能适应时代需要。2009年5月，经铁道部批准，由铁道部、我市共同出资，对原亳州火车站在原址上进行了改扩建。
2010年5月18日，改扩建后的亳州火车站投入运营。总占地面积34799平方米，站房属于仿汉建筑，总建筑面积9574平方米，是原站房面积的6倍，从北至南，依次为中铁快运营业室，出站口，候车室，售票处，办公区。其中、候车室包括上、下两层，总面积是4327平方米，可以容纳3000人，最高聚集4500人，比改造前高出近6倍。改造后的站场也和以前大不一样。站内新建了2座无站台柱雨棚，增加了1条货车到发线、1座进站天桥，还新建了8米宽出站地道和两个高站台，可以有效杜绝进出站旅客的对流和拥挤，更加方便了旅客。
